В программе 1С удаление объекта не приводит к его полному уничтожению. Это необходимо для возможности отката, в случае выполнения неправильных действий. Также можно разграничить доступ и выдать права полного удаления только определенному сотруднику компании. Данная инструкция приведене на примере 1С 8.3. Для конфигурации «Бухгалтерия» и «Управление торговлей» действия немного отличаются.
Бухгалтерия
Зайдите в программу 1С под пользователем с правами администратора.
Нажмите Операции — Удаление помеченных объектов :

В появившемся окне выберите Выборочное удаление объектов и нажмите Далее .

В следующем окне снимите галочки с документов, которые не хотите удалять и нажмите Удалить .

Управление торговлей
Заходим в 1С под пользователем с правами администратора.
Кликаем по Операции — Удаление помеченных объектов :

Если выскочит запрос на подтверждение, отвечаем Да .
Выбираем необходимые объекты и нажимаем Контроль :

В открывшемся окне нажимаем по Удалить :

Начнется процесс удаления.