В некоторых случаях, проблему оказалось несложно исправить самостоятельно, просто включив Secure Boot в BIOS. Однако не всем это помогло, к тому же не во всех версиях BIOS обнаружился данный пункт. См. также: Как отключить Secure Boot в UEFI
Теперь же появилось официальное обновление Windows 8.1, которое исправляет эту ошибку. Данное обновление убирает сообщение Безопасная загрузка настроена неправильно. Скачать это исправление (KB2902864) можно с официального сайта Microsoft как для 32-х так и для 64-разрядной версии Windows 8.1.
После установки обновления проблема должна быть решена.